洋葱软腐病主要为害叶片和鳞茎。生长期发病多使植株外层1～2片叶的下部产生半透明灰白色病斑，随着病斑扩大至叶鞘基部，软化腐烂，致使外叶倒伏。鳞茎发病外层鳞片初呈水浸状，继之软化，后向内部发展并开始腐烂，有汁液溢出并有恶臭，发病严重时全株腐烂。
洋葱疫病主要为害叶片和花梗。叶片发病，初期在叶片上产生水浸状、青白色、边缘不明显的大纺锤形或菱形的病斑，后急速扩展包围叶身，叶片常从病部折倒枯死，发病严重时，病叶腐烂，整株枯死。
防治方法为选择品质好、抗病性和抗逆性强、耐储藏、口感好、产量高的优良品种，如福星、科士特、农场主、牧童等品种；选择中性土壤育苗，培育壮苗；适期早栽，勤中耕，浅浇水，防止氨肥过多；及时清除中心病株，带出田外深埋或销毁。及时防治葱蓟马、根蛆、地老虎等害虫。
药剂防治：软腐病用72%农用链霉素、3%中生菌素、77%可杀得、50%琥胶肥酸铜等喷施防治；疫病发生的地块选用75%百菌清，64%杀毒矾、58%甲霜灵?锰锌或10%世高水分散粉剂喷雾防治，喷药时注意喷洒植株茎基部。