稻曲病在双季稻区的二晚、一晚田发生较为普遍，个别早稻迟熟品种田块也有零星发生。受稻曲病危害的稻谷，含有致癌的黄曲霉毒素，加工食用后危及身体健康。在收割时会因露水、机械磨擦（脱粒）、翻晒、加工等因素污染健康稻谷（米），降低稻米品质。
稻曲病的防控技术种子浸种消毒处理，在浸种时用25%咪鲜胺乳油2000-3000倍液消毒，以杀灭病菌，减少菌源。加强水肥管理，适量适期施氮，增施磷钾肥，合理灌溉，健身栽培，提高抗病性。抓好破口前及始穗期两个关键时期化学用药预防。
稻曲病菌最早在剑叶展全后即可由剑叶叶舌处侵入穗苞，其次在抽穗扬花时随颖壳张开而进入高危侵染期，又因病菌在花器内感染，闭颖后病情由内而外发展，发病后极难控制，故而化学防治上应预防在先。
破口前5-7天，亩用30%苯醚·甲环唑丙环唑30毫升/8%井冈霉素A水剂250-300毫升+10%己唑醇60克+有机硅10克兑水60-80斤喷雾，可同时防控稻曲病、纹枯病；也可亩用12.5%氟环唑40-50克+有机硅10克兑水60-80斤喷雾。 抽穗30-50%时再巩固用药一次，以延长预防保护期，用药方法同上。