在正常情况下，发菌管理的时间为20天左右。这期间应重点抓好以下几个环节。
（1）控温、保温促使菌种尽快定植，播种后3-5天内应关闭门窗，温度控制在28摄氏度以下。菇房空气相对湿度应达70%。3天后菌丝萌发，并向料内生长。播种后7天左右，菌丝基本封面，揭去报纸，此时，菇房内要进行通风换气，促使菌丝向料内生长。
（2）撬料通气播种后10-15天，当菌丝吃料已达1/2深度时，应将料层撬动一次。方法是用三齿钩斜插入料深3/4处，向后倒退裂耙菌丝块，或从料底向上顶松料床，把已经开始结块的料撬松，然后将料面铺平，加强通风，促使菌丝向下生长。
（3）防治病虫害经常检查有无杂菌、虫害发生。如发现应及时采取防治措施。同时要经常检查菌丝生长情况，发现菌种不萌发、不吃料及菌丝生长过慢、菌丝少时，要及时查明原因，采取相应的补救措施。