1、选择商品有机肥要谨慎。首先要弄清原料来源。其次选择的商品有机肥先进行小面积试验示范。
2、腐熟后施用。大部分有机肥如新买的鸡粪、牛粪等常带有病菌等有害物质，直接使用对作物不利，应堆积发酵后使用。
3、严格控制施肥量。有机肥体积大，养分低，需大量施用才能满足作物需要，但不是越多越好。菜地每亩每季控制量为鸡粪：1500-2000公斤，果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，一般2000公斤左右；绿叶类作物需肥量相对较小以1500公斤为宜。
4、有机无机搭配施用。有机肥养分全，但当作物生长需肥高峰时常供应不足；无机肥易分解，利于作物吸收，但后劲不足。有机肥和无机肥搭配施用，能满足作物需肥量。
5、以基肥深施为主。有机肥肥效持久，养分释放缓慢，一般作为基肥施用，深耕时施用有机肥，利于土肥相融，促进土壤团粒结构形成，有效改善土壤性状。
6、配合生物肥施用。生物肥中生物菌能加速有机肥中有机物的分解，同时能将有机肥中有害物质分解转化。一般在基施有机肥时，可每亩配合施入生物肥150-200公斤，作追施时，可每亩施入20-25公斤。