果树体内外都存在许多微生物，其中不少是有益的，可通过筛选应用有益微生物为果树的生长发育、提高质量、增进抗性奠定良好基础。菌肥的主要作用有：
一、改变根量，由细菌产生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。
二、软化细胞壁，细菌产生的半聚糖醛酸转化酶（PATA）可软化根系细胞壁，从而促进营养吸收。
三、产生转铁产物，细菌产生的转铁产物可聚合或螯合土壤铁，使之成为对果树更有效的物质。
四、增加磷的有效性，细菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。
五、阻止病害，细菌改变根际环境，从而抑制根系病原体的竞争力。