有机肥充分腐熟。未腐熟的有机肥中含有病原菌、杂草种子等有害物质，使用后有可能引起虫害滋生、杂草蔓延、作物烧苗等问题，因此施用前必须进行腐熟处理后才能施用。
有机肥一般分为两种，固体有机肥和液体有机肥，一般固体有机肥用作基肥，液体有机肥用作追肥。粉状有机肥可在耕作前撒施，颗粒有机肥可撒施，也可通过施肥机根施；液体有机肥可在作物生长不同阶段进行喷施、灌施或滴施。
科学使用有机肥，根据正确用量施入有机肥，固态有机肥使用量一般根据大田作物的大小来确定有。液体有机肥的使用根据不同作物类型和不同生产阶段进行确定，一般随着幼苗期、茎叶生长期和果实生长期而增加使用量。并且在使用液态有机肥的情况下可加入光合营养膜肥，不仅可提高光合作用强度，还可增加肥效，增加肥的有效利用率。