甘蔗梢腐病病原是一种真菌病害。初次侵染来源主要是患病蔗株和土表上病株残余里的病原菌。病原菌的分生孢子由气流传播，落到梢头心叶上的分生孢子侵染幼嫩叶部，病部所产生的分生孢子再行重复侵染。梢腐病的发生要求高温高湿的条件，特别在干旱后遇水或灌水过多的情况下，往往导致梢腐病的流行。偏施重施氮肥的蔗田比氮磷钾合理配施的蔗田发病严重。
现在常见的防治方法有：
１、选用抗病品种。抗病的品种有粤糖89—113、粤糖63／237、粤糖93—159、粤糖85—177；感病的品种有粤糖57／423。
２、合理施肥。注意氮、磷、钾适当配合，避免施用过量的速效氮肥，视甘蔗生长情况追施氮肥，不要偏施或迟施氮肥。
３、清理蔗田。在甘蔗收获后，及时清除留在蔗地的病叶、病株残余，集中烧毁，以减少侵染源。
４、注意蔗地剥叶，搞好排灌系统，及时排除蔗田积水，降低蔗地的湿度，使甘蔗正常生长，增强抗病力。
５、在发病初期用含有效成分50％的苯莱特可湿性粉剂1000倍液或用1：1：100的波尔多液喷心叶，每周一次，连续两次。选择晴天用药，如喷后24小时内遇大雨，须补喷一次，有一定的防治效果。
６、不在发病蔗地留种，尤其不留感病植株的蔗茎做种，以减少初次侵染病原菌。