畸形果为影响彩色甜椒生产的重要生理病害，各地都时有发生，程度轻时零星果实畸形，经济损失不明显，严重时畸形果常达50％以上，显著影响彩色甜椒的产量和品质。目前比较有效的防治方法如下：
1.搞好苗期温度管理，冬季和早春做好保暖防寒工作，昼夜保持适宜彩色甜椒品种要求的温度。提倡采用快速育苗技术，减少不良天气对花芽分化的影响。夏秋育苗注意降温增湿。
2.加强开花座果期水肥管理，避免偏施氮肥和猛浇大水，适当增施磷钾肥，土壤太湿宜适当中耕松土，改善土壤通透性。
3.出现不正常畸形果须及时摘除，以利正常花果的生长发育。