番木瓜在种植时期容易发作焦腐病，目前这种病害可以通过清除田间杂物等方式可以防治。除此之外，常见的病害防治方法有：
1.果园修剪后应及时把枯枝烂叶清除。
2.幼果期每隔14天用40%多硫铜悬浮剂500倍稀释液涂抹或喷施果表，共3次。
3.收果时第一次剪要留果柄长约5厘米，到加工处理前进行第二次剪，留果柄长约0.5厘米。
4.果实采收后避免被土壤污染。
5.用45%特克多胶悬剂450～900倍液（52℃）浸果5分钟或用45%咪鲜安乳油500～1000倍液稀释（31℃）浸果2分钟。