1、种植菠菜最好与非禾本科作物进行2-3年轮作，并彻底清除田间病残株、杂草等，深翻整地、喷施消毒剂进行消毒杀菌处理，可有效减少棚内病菌源。
2、合理密植，菠菜生长期间浇水需适宜，谨防大水漫灌。并注意加强棚内通风管理，以降低田间湿度，破坏炭疽病繁衍的有利环境。增施有机肥，配合叶面喷施蔬菜壮茎灵，以提高菠菜吸水吸肥力度，促使植株叶片肥厚、长势茂盛、抗病性增强。
3、发现染病植株及时拔除带出棚外销毁，并在菠菜受害初期及时喷施针对性药剂进行防治，配合光合营养膜肥混合使用，以助力菠菜吸收光能，光合作用增强，尽快恢复植株元气。