南瓜蔓枯病为害叶片、茎蔓和果实。叶片染病，病斑初褐色，圆形或近圆形，大小10～20毫米，其上微具轮纹。蔓枯病病斑椭圆形至长梭形，灰褐色，边缘褐色，有时溢出琥珀色的树脂状胶质物，严重时形成蔓枯，致果实朽住不长。果实染病，轻则形成近圆形灰白色斑，大小5～10毫米，具褐色边缘，发病重的开始时形成不规则褪绿或黄色圆斑，后变灰色至褐色或黑色，最后病菌进入果皮引起干腐，一些腐生菌乘机侵入引致湿腐，为害整个果实。
1.清洁田间，深翻土地，与非瓜类作物实行2-3年的轮作。
2.选用抗病品种，并对种子进行浸种和种衣剂拌种处理，能有效灭杀有害南瓜蔓枯病病菌，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
3.采用高畦栽培，另外雨季要及时排除积水。
4.分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施壮瓜蒂灵，使瓜蒂增粗，强化营养定向输送量，促瓜体健康生长，增强其抗南瓜蔓枯病能力。
5.药物防治。预防南瓜蔓枯病应用25%阿米西达悬浮剂。生长期的防治重点抓住始发病期用药，用内吸治疗性杀菌剂，隔7-10天喷一次，连续2-3次。