苹果谢花20天以内的的幼果不宜用药，容易产生药害，苹果一些黄色品种尤其是金帅品种，用药后会产生锈斑。
梨树不能叶喷，否则产生药害。
桃树现花蕾期和谢花后可以使用，幼果期慎用，浓度高时会产生锈斑。
葡萄对红提、青提幼果期有药害，对一些黄色品种有药害，会产生锈果，套袋后使用问题不大。
花卉对梅花、玫瑰花容易产生药害。
与杀螟松混用桃树上容易发生药害；与克螨特、三环锡混用茶树上容易出现药害。
柿子对百菌清敏感，不能使用。
百菌清对鱼和蜜蜂的毒性也都较强，因此，百菌清在水田使用要谨慎，也不宜在作物开花期前后使用。
油类物质可能加重药害，在混配药液的时候不宜添加油类助剂，与乳油制剂混配的时候也要小心。
大量研究发现，大鼠和小鼠长期摄入高剂量的百菌清以后，会有肾脏增生和肾脏上皮瘤的发生，说明百菌清对人还是有一定毒性风险的。因此，百菌清不宜在作物采收前夕（7天以内）高剂量使用。